辦公室：負(fù)責(zé)后勤管理與科室協(xié)調(diào)工作,。
組織人事科：負(fù)責(zé)人事,、黨務(wù)管理工作,。
財務(wù)審計科：負(fù)責(zé)財會工作。
信息質(zhì)量科：負(fù)責(zé)疾控工作考核,、人員培訓(xùn)及質(zhì)量控制。
傳染病防治與監(jiān)督科：負(fù)責(zé)傳染病防制工作,。
應(yīng)急辦公室（地方病防治科）：負(fù)責(zé)衛(wèi)生應(yīng)急與地方病防治工作,。
免疫規(guī)劃科：負(fù)責(zé)免疫規(guī)劃管理工作。
艾滋病與性病防治科：負(fù)責(zé)艾滋病,、性病防制工作,。
結(jié)核病與慢病防治科：負(fù)責(zé)結(jié)核病與慢性病防治工作。
疾病檢測科：負(fù)責(zé)病原微生物檢測工作,。
衛(wèi)生檢驗科:負(fù)責(zé)理化檢驗工作,。
健康教育科：負(fù)責(zé)健康教育與健康促進(jìn)工作。
職業(yè)健康科：負(fù)責(zé)職業(yè)病防治工作,。
蟲媒生物防制與消殺科：負(fù)責(zé)蟲媒生物防制與消殺工作,。
衛(wèi)生監(jiān)測科：負(fù)責(zé)衛(wèi)生監(jiān)測工作。
預(yù)防性健康體檢中心：負(fù)責(zé)預(yù)防性健康體檢工作,。
法制綜合科：
稽查審核科
公共場所與生活飲用水衛(wèi)生監(jiān)督科：
婦幼健康監(jiān)督科：
醫(yī)療衛(wèi)生監(jiān)督科：
中醫(yī)監(jiān)督科：
學(xué)校衛(wèi)生監(jiān)督科：
指導(dǎo)一科：
指導(dǎo)二科：